Efficacy of a non-invasive sampling method for genomic analysis of the critically endangered limpet Patella candei candei d’Orbigny, 1840

Abstract

In this study we tested a non-invasive, swab-based DNA sampling method that can be used in situ for the monitoring of Patella candei candei endangered populations. These DNA samples, obtained from the limpet mucus, must provide DNA for the implementation of genome reduced-representation methodological approaches (ddRAD) to obtain thousands of markers dispersed trough the genome in a cost-effective way. The use of relevant, but non-ideally collected and/or preserved DNA samples, including those from non-invasive mucosal swabs sampling provided acceptable genotyping results. The generated data allowed the correct use of SNPs identification pipelines and population genetic structure analysis. The achieved results are relevant for the design and monitoring of conservation strategies for the endangered majorera limpet in Fuerteventura Island.

En este estudio probamos un método de muestreo de ADN no invasivo basado en hisopos que se puede utilizar in situ para el seguimiento de poblaciones en peligro de Patella candei candei. Estas muestras de ADN, obtenidas del mucus de la lapa, deben proporcionar ADN para la implementación de enfoques metodológicos de representación reducida del genoma (ddRAD), para obtener miles de marcadores dispersos a través del genoma de una manera efectiva. El uso de muestras de ADN relevantes, pero no idealmente recolectadas y / o preservadas, incluyendo las muestras de mucosas no invasivas, proporcionó resultados aceptables para la genotipificación. Los datos generados permitieron el uso correcto de sistemas de identificación de SNP y el análisis de la estructura genética de la población. Los resultados obtenidos son relevantes para el diseño y seguimiento de estrategias de conservación de la lapa majorera en peligro de extinción en la isla de Fuerteventura.