Visor de grafos en procesos de ensamblaje de novo de genomas, integrable en cuadros de mando.

Abstract

En el proyecto Nextgendem, los investigadores del ITC y sus colaboradores utilizaban herramientas de escritorio como Bandage para visualizar grafos de ensamblaje de novo de genomas. Esto limitaba el acceso a la aplicación y complicaba la colaboración remota. Para resolverlo, se desarrolló un componente web que carga un fichero .gfa, lo envía a un servicio Dockerizado que genera un archivo .layout con coordenadas y metadatos, y devuelve un JSON al navegador. El visor web procesa estos datos para mostrar el grafo de forma interactiva (zoom, desplazamiento y filtros básicos), sin necesidad de instalar software en local. El backend orquesta las llamadas al microservicio y expone una API REST, mientras que el frontend renderiza el grafo en Angular. Todo el sistema se despliega con Docker Compose, garantizando entornos reproducibles. La solución se validó con el ITC, demostrando que cumple el objetivo de ofrecer un acceso sencillo y colaborativo a los datos genómicos visualizados como grafos. Esta iniciativa se realiza en colaboración con el Jardín Botánico Viera y Clavijo, unidad asociada del CSIC (JBVCUACSIC), que actúa como Product Owner científico de los productos desarrollados en el marco del proyecto NextGenDem del ITC. El ITC propone la tecnología y las estructuras metodológicas, y la ULPGC ha concretado e implementado dos tecnologías clave que ahora se integrarán en NextGenDem.

Within the Nextgendem project, ITC researchers and partners relied on desktop tools like Bandage to visualize de novo genome assembly graphs. This approach restricted access and hindered remote collaboration. To address these drawbacks, a web component was built that uploads a .gfa file to a Dockerized service, which produces a .layout file containing node coordinates and metadata, then returns JSON to the browser. The web viewer uses this data to render an interactive graph (zoom, pan, and basic filters) without local software installation. The backend coordinates microservice calls and provides a REST API, while the frontend renders the graph in Angular. Docker Compose orchestrates the entire system for reproducible environments. Validation with the ITC confirmed that the solution achieves the goal of offering simple, collaborative access to genomics data visualized as graphs. This work is carried out in collaboration with the Jard´ın Bot´anico Viera y Clavijo, CSIC-associated unit (JBVCUACSIC), which acts as the scientific Product Owner of the products developed within the scope of ITC’s NextGen- Dem project. ITC provides the technological framework and methodologies, while ULPGC has defined and implemented two key technologies that will now be integrated into NextGenDem.