Caracterización "in silico" de los genes y marcadores ligados a los cromosomas sexuales en el lenguado senegalés ("Solea senegalensis")

Abstract

El cultivo industrial del lenguado senegalés favorece la aparición de machos debido a reversiones de sexo en cautividad. Por eso, se necesitan marcadores ligados al sexo que permitan analizar las inversiones sexuales y establecer el sexo genético de un individuo para poder constituir poblaciones a voluntad. Gracias a que se conoce el genoma de Cynoglossus semilaevis, incluidos los cromosomas sexuales, y a que en Solea senegalensis existe un borrador de su genoma y un transcriptoma, en este trabajo se ha partido de secuencias genómicas generadas mediante NGS de dos hembras y un macho de lenguado para detectar in silico marcadores específicos de sexo. Así, se han seguido varias estrategias bioinformáticas para localizar ortólogos en lenguado senegalés de los genes ligados a cromosomas sexuales de C. semilaevis, así como de 105 genes relacionados con la determinación/diferenciación del sexo en los teleósteos. Se ha hallado que algunos como dmrt1, dmrt2a y dmrt3a, se localizan sobre el mismo scaffold en el lenguado senegalés, por lo que parece que hay regiones cromosómicas implicadas en la diferenciación sexual del lenguado, a pesar de que no presente cromosomas sexuales claros. También se han detectado 397 regiones cromosómicas que podrían distinguir machos de hembras, de las que se han seleccionado 10 por su mayor tamaño para su validación experimental comprobándose en 4 de ellas su de ellas su de ellas su de ellas sude ellas su ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y ligamiento al sexo y se han localizado 1.050.874 SNP, 156.095 únicamente en el macho utilizado para su detección y 9.382 de ellos a menos de 1 KB de los ortólogos a los genes de la determinación sexual establecidos más arriba. Estos datos sientan las bases para futuros estudios de marcadores.

The industrial culture of the Senegalese sole favors the appearance of males due to reversions of sex in captivity. That is why markers linked to sex are needed to analyze sexual inversions and establish the genetic sex of an individual to constitute populations at will. Thanks to the fact that Cynoglossus semilaevis genome is known, including the sex chromosomes, and thanks to the fact that in Solea senegalensis there is a draft of its genome and a transcriptome, this work has been based on genomic sequences generated by NGS of two females and a male to detect in silico sex-specific markers. Thus, several bioinformatic strategies have been followed to localize orthologs in Senegal sole of the sex chromosome genes of C. semilaevis, as well as 105 genes related to sex determination/differentiation in teleosts. It has been found that some genes like dmrt1, dmrt2a and dmrt3a are located on the same scaffold in the Senegalese sole, so it seems that there are chromosomal regions involved in the sexual differentiation of sole, although it does not present clear sex chromosomes. There were also 397 chromosomal regions that could distinguish males from females, of which 10 were selected because of their larger size for experimental validation and 4 of them have been shown to be sex-linked. Also 1,050,874 SNPs have been localized, 156,095 only in the male used for detection and 9,382 of them less than 1 KB from the orthologs to the sex determination genes established above. These data set the basis for future marker studies.